Khi hệ thống HĐĐT đi vào thực tiễn sẽ giúp các doanh nghiệp (DN) giảm thiểu chi phí in ấn, vận chuyển, lưu trữ hóa đơn; tiết giảm tối đa thời gian làm các thủ tục đăng ký, thông báo, báo cáo, lập tờ khai sử dụng hóa đơn, kể cả phòng tránh tình trạng bị làm giả hóa đơn. Việc sử dụng HĐĐT còn tạo điều kiện để doanh nghiệp hiện đại hóa công tác quản lý; nâng cao trải nghiệm khách hàng... Đồng thời, việc triển khai thành công hệ thống HĐĐT sẽ tạo nền tảng cơ sở dữ liệu quan trọng để thực hiện quản lý thuế trên nền tảng số, phục vụ đắc lực cho công cuộc chuyển đổi số của ngành tài chính, góp phần cùng Chính phủ đạt được các mục tiêu quốc gia về chuyển đổi số.
Theo Tổng cục Thuế, hóa đơn là chứng từ đặc biệt, để ghi nhận giao dịch bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ giữa người bán và người mua, là tài liệu để làm cơ sở cho việc hạch toán kế toán, xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế. Việc sử dụng hóa đơn của người dân và doanh nghiệp ảnh hưởng đến thu, chi NSNN. Do vậy, quản lý hóa đơn đóng vai trò quan trọng trong công tác quản lý thuế nói riêng và quản lý nhà nước nói chung.